莒县经济开发区机关党委下设七个党支部，分别是：

    中共莒县经济开发区党政办公室机关党支部
    中共莒县经济开发区党群工作部机关党支部
    中共莒县经济开发区经济发展局机关党支部
    中共莒县经济开发区招商促进局机关党支部
    中共莒县经济开发区市政公用事业管理中心机关党支部
    中共莒县经济开发区财政局机关党支部
    中共莒县经济开发区农村和社会发展局机关党支部